Oberste Landesbehörden
Grundsätzlich sind die obersten Landesbehörden die Ministerien oder Senate. Wie bereits erwähnt, ist die Namensgebung in den Bundesländern unterschiedlich, jedoch war in der Vergangenheit ein Trend erkennbar, wonach die Zuständigkeit von den Innenresorts zu den Sozialressorts stattgefunden hat.
Die Aufgaben der obersten Landesbehörden sind die Erarbeitung von Landesgesetzen und Verordnungen, die von den Landesparlamenten beschieden werden. Hierzu zählen auch die berüchtigten Heilberufekammergesetze, die für Ärzte und Apotheker von besonderer Bedeutung sind. Das Heilberufekammergesetz ist ein Ermächtigungsgesetz, das die Bildung von Heilberufekammern (auch die Apothekerkammer) regelt und diese gleichzeitig legitimiert für die Angehörigen des jeweiligen Berufes rechtverbindliche Satzung und Verordnungen zu verabschieden. Aber auch die Zusammenarbeit mit dem Bund obliegt im Wesentlichen den obersten Landesbehörden. Gut erkennbar war dies während den Abstimmungen zwischen den Ländern und dem Bund während der Corona-Pandemie (COVID-19-Pandemie). Ferne führen die oberste Landesbehörden die Dienstaufsicht über die nachgeordneten Behörden.
Höhere Landesbehörden
Höhere Landesgesundheitsbehörden werden i. d. R. Regierungspräsidien oder Bezirksregierungen genannt und übernehmen hauptsächlich Überwachungs- und Kontrollfunktionen. Eigene Gesundheitsbehörden fehlen auf dieser Verwaltungsstufe; lediglich spezialisierte Abteilungen werden vorgehalten, um die Aufgaben mit Bezug zum Gesundheitswesen kompetent durchzuführen. So sind sie i. d. R. für die Apothekenrevision zuständig – auch wenn diese letztlich zumeist durch ehrenamtliche Pharmazieräte durchgeführt wird. Zudem erteilen sie wichtige Erlaubnisse wie die Berufszugangserlaubnis (ärztliche oder apothekerliche Approbation) oder die Apothekenbetriebserlaubnis. Wie auch die obersten Landesbehörden nehmen die höheren Landesbehörden eine Aufsichtsfunktion über die nachgeordneten Behörden wahr.
Untere Landesbehörden
Die letztliche Ausführung und Überwachung in praktisch allen Zuständigkeiten liegt bei den unteren Gesundheitsbehörden bzw. Gesundheitsämtern. Die Aufgaben und Zuständigkeiten sind damit umfassend, haben zumeist allerdings einen unmittelbaren medizinischen Bezug. Daher leitet eine solche Behörde regelmäßig ein ärztlicher Leiter.